Historia kościoła na Kowańcu w parafii Matki Bożej Anielskiej w Nowym Targu, rozpoczęła się od małej przydrożnej kapliczki położonej na przepięknej polanie.
W latach 60. XX wieku zaczął tu przyjeżdżać ks. Kazimierz Lisiewski i odprawiać Msze święte.
Z jego inicjatywy zbudowano małą, kamienną kapliczkę, przy której regularnie odbywały się nabożeństwa.
W latach 70. XX wieku, przy wsparciu ks. Mariana Juraszka, bez zezwolenia wybudowano mały, drewniany kościółek, który miał służyć lokalnej wspólnocie.
W 1982 roku na Kowańcu utworzono parafię, ale niestety w 1983 roku spłonął drewniany kościół.
Podczas II pielgrzymki do Polski w 1983 roku, Jan Paweł II poświęcił kamień węgielny pod budowę nowego kościoła.
Kamień węgielny został wmurowany przez kardynała Franciszka Macharskiego.
Nowoczesny, duży kościół został zbudowany w latach 1984–1988 przez parafian, pod nadzorem ówczesnego proboszcza ks. Zdzisława Stypuły.
Projektantem świątyni był architekt Tadeusz Jędrysko.
Kościół został konsekrowany w 2002 roku.
